Кызылкумский архар (баран Северцова), занесенный в Красный список МСОП и Красную книгу Республики Узбекистан, считается эндемичным видом в Узбекистане и в 60-70-х годах находился под угрозой исчезновения. По имеющимся данным, в прошлом веке в Нуратинских горах оставалось 100-150 голов, но после создания государственного заповедника, на территории сохранилась их популяция.

Научными сотрудниками заповедника ежегодно проводится весенний и осенний подсчет. По результатам последнего подсчета выяснилось, что их число достигло до 1400 особей. В результате, проводимых биотехнических мероприятий, численность в заповеднике стабилизировалась.